城の中心になるのが"千畳敷"と呼ばれる場所で、おびただしい数の柱の痕跡が重なりあって残っており、このことは建物が何回も建てかえられたことを示しています。この千畳敷は、古墳時代前期(4世紀頃)には防御機能を持った首長の居館としても利用されており、5世紀頃には古墳が造られた形跡もあります。
慶長5年(1600)の関ヶ原の戦い後に小西領を併合し、肥後国領主となった加藤清正は、宇土城を自身の隠居城として大改修を行いましたが、清正の死後廃城となり、その後、一国一城令により水俣城・矢部城とともに破却されました。
さらに、寛永14年(1637)の島原・天草一揆の後に、一揆が起こった場合に利用されないように徹底的に破壊されました。
干満差のきわめて大きな有明海にあるため、干潮時は沖に向かって道が出現し、満潮時は道が海の中へ沈んで電柱だけが突き出ているように見えることで有名になりました。
平成28年(2016)に発生した熊本地震からの復興の原動力となるよう、熊本県出身の漫画家・尾田栄一郎氏が描く人気漫画「ONE PIECE」と熊本県が連携した「ONE PIECE 熊本復興プロジェクト」の一環として県内に10体の麦わらの一味の像が設置されていますが、長部田海床路のある住吉海岸公園にはジンベエ像が設置されています。
